Sườn núi ở Nhật Bản thường quá dốc để có thể canh tác trong khi phần lớn đồng bằng giờ đây lại được sử dụng để phát triển đô thị hay cho mục đích công nghiệp. Với những nơi đất đai có độ dốc vừa phải, người ta phải tạo thành ruộng bậc thang để trồng trọt. Nhật Bản có lượng mưa lớn và thời tiết ở hầu hết các đảo ngoại trừ Hokkaido đều ấm áp, thế nhưng đất nước này lại phải hứng chịu các trận bão vào đầu mùa thu và tuyết rơi dày trong mùa đông. Ở miền duyên hải, các vùng đồng bằng có thể đương đầu với nguy cơ sóng thần đôi lúc xảy ra và một vài vùng núi là nạn nhân của những đợt núi lửa phun trào.

Dù trong hoàn cảnh khó khăn như vậy, trồng trọt vẫn giữ vai trò rất quan trọng đối với kinh tế Nhật Bản. Giữ vai trò chủ đạo trong ngành nông nghiệp là việc canh tác lúa nước. Tuy nhiên, nhiều trang trại có quy mô nhỏ. Hầu hết nông dân làm việc bán thời gian và phần lớn việc đồng áng do phụ nữ đảm nhận.

Lúa nước cần có những điều kiện đặc biệt để sinh trưởng. Thóc thường được gieo trong nhà kính cho đến khi nảy mầm thành mạ. Sau đó, mạ sẽ được cấy với điều kiện rễ mạ phải cách mặt nước ít nhất 10 cm. Ngoài ra còn cần tới các công trình thủy nông để đáp ứng việc tưới tiêu cho các cánh đồng. Cuối cùng, sang mùa thu thì lúa chín và trước khi được gặt về lúa đã ngả màu nâu vàng như lúa mì. Lúa nước trồng được khắp nơi trên Nhật Bản. Tuy nhiên, lúa hầu hết được trồng ở miền cực nam và tại đây có nhiều vùng chuyên canh tác lúa như Niigata.[17]

Mặc dù lúa nước rõ ràng là cây trồng quan trọng nhất ở Nhật Bản, nhưng người Nhật canh tác cả các loại ngũ cốc khác, như là lúa mạch để cung cấp rượu bia. Rất nhiều loại rau quả, như cà chua, dưa chuột, khoai lang, rau diếp, táo, củ cải và quả anh đào cũng được gieo trồng. Chè cũng được trồng nhiều ở Nhật Bản, đặc biệt là ở các thửa ruộng bậc thang trên sườn núi. Sản phẩm chính từ chè là trà xanh hay ocha, được người dân khắp nơi trong nước sử dụng. Chè được trồng chủ yếu ở phía nam đảo Honshu.